西农大:首次测定奶山羊乳腺转录组
奶山羊不但是重要的奶源,也在发展中国家中承担着重要的农业和经济作用。了解山羊乳腺的遗传背景对研究控制组织功能和乳成分合成的调控机制十分重要。然而山羊乳腺完整转录组信息的缺乏却阻碍了相关工作的开展。为此,西北农林科技大学罗军教授领衔的团队对奶山羊乳腺组织的转录组进行了全面测定和深入分析*,相关成果发表在近期的Funct Integr Genomics上。
罗教授的团队收集了山羊乳腺发育四个不同阶段的组织,采用转录组denovo测序对其转录组进行测定,共产生约25GB序列信息(转录组denovo测序项目由联川生物承担完成)。序列拼接组装获取了51,361个Unigenes,约60.07%的Unigenes与NR数据库中蛋白具有同源性。进一步通过KOG,GO,和KEGG进行功能分类,发现来自山羊乳腺的Unigenes参与多种生物过程和代谢途径,包括脂质代谢和乳糖代谢。定量PCR发现,相比于非泌乳期,编码FABP3,FASN,SCD,PLIN2,乳清蛋白(LALBA和BLG),以及酪蛋白(CSN1S1,CSN1S2,CSN2和CSN3)的基因在产后100天和产后310天出现显着高表达。除了它们在脂质和蛋白质合成中的作用,在产后310天出现高表达可能有助于怀孕期乳腺细胞的更新。
*HShi,JZhu,JLuo,WCao,HShi,DYao,JLi,YSun,HXu,KYu,JLoor(2014)Genesregulatinglipidandproteinmetabolismarehighlyexpressedinmammaryglandoflactatingdairygoats.Func.&Int.Genomics.ePubaheadofprintdoi:10.1007/s10142-014-0420-1[article]
关于联川生物
联川生物总部位于美国休斯敦(LCSciences,LLC),经过多年的快速发展,已成为业界领先的多组学技术服务商。公司拥有具有自主知识产权的?Paraflo?微流体定制化芯片平台,可以为科研用户提供从基因组,转录组,到蛋白组的高通量定制化表达谱芯片解决方案。我们是全球首家提供microRNA表达谱芯片分析的服务商。作为国内最早提供高通量测序技术服务的公司之一,联川生物拥有经验丰富的技术团队和一流的生物信息学专家组,可以为研究人员提供多组学测序服务和深度个性化数据分析解决方案。为满足研究人员跨组学高通量研究需求,联川生物已将蛋白质组定量分析引入技术服务线,为用户提供贯穿中心法则的全程解决方案。多年来,联川生物一直与国内的科研团队保持着长期紧密的合作,助力科研人员在生物、医学、和农林领域的科学发现。全球科研用户使用联川生物的优质科研服务和高质量组学实验数据已发表了逾600篇高水平研究论文,其中已在Cell,Nature,Science系列顶级期刊上发表论文十七篇。
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